臺北市立木柵國民中學：核定總班級數21班〈包括普通班18班、特殊班2班、學習資源班1班〉，下設3處3室1補校。
- 校長室:
- 綜理全校業務。
- 教務處:
- 負責課程發展、課程編排、教學實施、學籍管理、成績評量、教學設備、資訊與網路設備、教具圖書資料供應、教學研究及教學評鑑，並與輔導室配合實施教育輔導等業務及其有關事項。
- 學生事務處:
- 負責學生活動、生活輔導、生活教育、衛生保健及體育活動等業務及其有關事項。
- 總務處:
- 負責文書、事務、出納等業務及其有關事項。
- 輔導室:
- 負責學生學習及生涯發展輔導、特殊教育等業務及其有關事項。
- 會計室:
- 責辦理歲計、會計及統計等事項。
- 人事室:
- 負責辦理人事管理事項。
- 補習學校:
- 負責補充國民生活知識，提高教育程度，傳授實用技藝，培養健全公民，促進社會進步為目的。
